发生争议时，应在合作委员会中讨论，以期在 30 天内达成共识（INST.13 条）。如果无法找到解决方案或根本没有进行磋商，投诉方可以启动由三名成员组成的仲裁庭的成立。每一方提名一名仲裁员。如果一方未能这样做，则由投诉方的合作委员会联合主席选择一名仲裁员。如果无法就仲裁庭主席达成一致，则由投诉方的合作委员会联合主席选择主席（INST.15 条）。仲裁小组在 100 天内提交中期报告。如果双方在 14 天内没有回复，该报告应为仲裁小组的裁决。如果双方要求复审，仲裁庭应在仲裁小组成立后不迟于 160 天内作出裁决（INST.20 条）。如果对被告方的遵守情况或投诉方可能中止义务的合法性存在分歧，仲裁庭可就相关事项作出裁决（INST.23 和 24 条）。如果在仲裁程序中达成双方同意的解决方案，则程序应终止（INST.31 条）。为确保更大的法律确定性，仲裁庭对缔约方的国内法没有管辖权。反过来，缔约方的法院对因 TCA 引起的争端没有管辖权（INST.29 第 4(4) 和 (4a) 条）。欧洲法院 (CJEU) 在 TCA 中不发挥任何作用，但英国参与欧盟计划除外（UNPRO 第 4.4 条）。
然而，就脱欧协议 (WA) 而言，欧盟法院在涉及欧盟法律的适用方面发挥 香港 WhatsApp 号码 着决定性作用（WA 第 174 条），尤其是爱尔兰/北爱尔兰议定书或公民权利（对于自 2020 年 2 月 1 日截止日期之前居住在英国或欧盟的人）。有关脱欧协议运作（包括解决争端）的任何事项的主要论坛是联合委员会，该委员会由欧盟和英国各一名部长级代表组成（第 164 条）。如果在最长三个月的协商期内未找到解决方案，任何一方都可以启动仲裁程序，包括通知常设仲裁法院 (PCA)。如果双方不能就包括主席在内的五名仲裁员达成一致，则 PCA 秘书长将任命各自的仲裁庭成员（第 171 条）。所有与欧盟法律有关的问题，仲裁小组都必须提交欧盟法院，其裁决对仲裁小组具有约束力（第 174 条）。仲裁庭应当在 12 个月内作出裁决，紧急情况下应当在 6 个月内作出裁决，但可以延长期限（第 173 条），并有权审查任何合规性或救济问题（第 177 至 179 条）。
欧盟-瑞士
（草案）机构框架协议 (IFA) 仅包括治理和争端解决框架，因为现有的双边单一市场准入协议中没有足够多的条款。主要论坛包括（现有的）部门委员会（每个协议）以及新的横向联合委员会（IFA 第 15 条）。如果发生争议，主管部门委员会在三个月内无法找到解决方案，任何一方都可以启动仲裁程序（IFA 第 10(2) 条）。程序在常设仲裁法院（PCA；仲裁庭第 I.2 条第 3 号议定书）举行，除非一方要求五名仲裁员，否则默认共有三名仲裁员（第 II.1 条）。在默认模式下，双方各提名一名仲裁员，两名指定的仲裁员在 30 天内从横向联合委员会（第 II.2(3) 条）列出的人员中选出第三名仲裁员担任首席仲裁员（第 II.2(1) 条）。如果双方未能作出必要的任命，常设仲裁法院秘书长将担任任命机构（第 II.2(4) 条）。仲裁庭决定程序的时间表并可延长（第 III.1(2) 条），而双方应在 90 天内分别提交其诉状和反诉状（第 III.8 条）。此外，如果部门委员会在六个月内未找到解决方案，仲裁庭有权审查一方因另一方（认为）不遵守而实施的补救措施（IFA 第 10(7) 条）。
当仲裁庭就欧盟法律的适用问题向欧盟法院提出诉讼时，仲裁程序将被搁置（第 III.9(2) 条），欧盟法院应适用其内部程序规则进行初步裁定程序（第 III.9(5) 条）。仲裁庭还有权就当事方就某一事项向欧盟法院提出的请求作出决定（第 III.9(3) 条）。欧盟法院的裁决对仲裁庭具有约束力（IFA 第 10(3) 条）。有关 TCA 和 IFA 的比较概述，请参见下图 1。